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Banche dati: definizione
"offerte informative polistrutturate"
concetto mutevole nel corso della storia
ridefinizione formale e concettuale:
impatto sull'utenza e sulla società in generale intesa non solo come comunità scientifica
comunità che raggruppa utenze diversificate
crescita culturale generalizzata in vari settori
definizione in evoluzione
Fattori fondamentali e decisivi:
- la crescita numerica degli oggetti database
- l'evoluzione dei software I.R. e la facilità degli accessi
- lo scenario evolve dovuto all'impatto dell'information technology
- i ruoli cambiano all'interno del processo comunicativo
La nascita: origini e sviluppo 1.
Nascita dei database legata
allo sviluppo di grandi host computers
Negli anni '40 e fino a metà degli anni '60 enti e organizzazioni internazionali mettono a disposizione degli utenti l'accesso a migliaia di archivi, prima ristretti solo all'interno dell'organizzazione
accessi costosi e a tempo; contratti specifici con gli host commerciali; linguaggi ostici di interrogazione
La nascita: origini e sviluppo 2.
Anni ‘80 sviluppo del mercato delle basi
su postazione stand-alone (in locale)
in seguito su torri di CD o Database Networking
- nessun costo di collegamento
- recupero dell'informazione attraverso linguaggi di Information Retrieval
- trasportabilità del supporto
La nascita del Web: 1992
"strutture/contenitori mobili
di informazioni organizzate”
da accesso locale di aggregati informativi
a servizi remoti offerti da aggregatori
per l’accesso alle banche dati
nascita e sviluppo di MEDLINE
- 1879: primo numero dell’Index Medicus
(John Shaw Billings e Robert Flechter)
idea di Billings di un “registro mondiale comprendente le fatiche scientifiche dei medici in ogni epoca … che avrebbe innalzato il livello della cultura, della letteratura e della ricerca medica”
- 1966: nascita della versione online dell’Index Medicus , banca dati MEDLINE: accesso via host computer
- anni 80-90 numerose e differenziate versioni su CD-ROM e versione EHILL in accesso telnet
- anni 90- prime interfacce Web (industrie farmaceutiche)
da MEDLINE a PubMed
dal prodotto MEDLINE al servizio PubMed
annuncia il nuovo servizio PubMed
si regala il prodotto per vendere servizi a valore aggiunto
numerosi servizi a pagamento ruotano attorno
al prodotto banca dati ad accesso libero
della produzione intellettuale scientifica
L’impatto dell’I.T. sul sociale
- elevato numero di utenti che cercano informazione biomedica
(37% delle connessioni, dato USA, Boorsa, 1996)
alta percentuale di pazienti rispetto ai professionisti
(fascia meno protetta)
alto rischio di confusione per notizie fuorvianti
- proliferazione di siti sulla salute e medicina
problematiche non solo di tipo professionale, ma
anche di carattere etico
diagnosi e terapie, visite “virtuali”, approccio molto diverso
da un servizio serio di TELEMEDICINA
oltre 200 siti (dato FDA) vendono farmaci senza prescrizione
La garanzia di qualità dell’informazione
servizio di qualità che nasce e si sviluppa,
non a caso, in contesto biblioteconomico
NLM (progetto culturale/sociale)
dai red tapes al sistema basato sulla qualità
cliente al centro = fruitore di beni intangibili
NLM garante dell’informazione che
SELEZIONA, ORGANIZZA, CONFEZIONA
linee guida per la valutazione delle pagine e risorse Web
Le linee guida NLM per la valutazione dell’informazione biomedica in Web 1.
- Qualità, autorità ed accuratezza di contenuto
- fonte e contenuto stabili
- presenza di comitato editoriale
- organizzazione dell’informazione chiara e adatta al livello dell’utenza a cui è rivolta, di facile utilizzo
- presenza di informazione di fonte primaria (testi, abstract…)
- Scopo della pagina web, educativo e non a fine di lucro
- contenuti disponibili a costo zero
Le linee guidaNLM per la valutazione dell’informazione biomedica in Web 2.
- Disponibilità e garanzia di aggiornamento costante
- accesso gratuito per buona parte dei contenuti del sito
- mantenimento dei link aggiornati
- informazione recente con data dell’ultimo aggiornamento della risorsa inclusa
- chiara evidenza delle responsabilità del creatore o curatore del sito, del webmaster (entità responsabili)
- Configurazioni particolari
- informazioni uniche per quell’argomento con
- ridondanze ridotte al minimo e con poche sovrapposizioni con altre risorse
- sito contenente grafici/diagrammi, glossari o informazioni uniche
- contenuti del sito accessibili a persone con disabilità
MEDLINEplus: portale per il cittadino
dopo solo 1 anno da PubMed free
nel 1998 A. B. Lindberg direttore National Library of Medicine
si accorge che 1/3 dei 200 milioni di interrogazioni annue provengono non dagli specialisti ma bensì dal cittadino per richieste sulla salute
programma di supporto al consumatore
di facile accesso all’informazione sulla salute
ABBATTIMENTO DELLE BARRIERE GEOGRAFICHE
informazione personalizzata, dizionari, enciclopedie, liste di ospedali, di medici, clearinghouse, trials clinici
da PubMed a MEDLINEplus
<http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/>
“Good information is the best medicine.
Your physician should have access to MEDLINEplus, and so should you”
diritto di accesso all’informazione da parte di tutti i cittadini
CRESCITA CULTURALE SOCIALE
innalzare il livello culturale della massa su salute e medicina
MEDLINEplus: DrugInformation
- Nuovo servizio per farmacisti offerto da MEDLINEplus (dati Micromedex)
"A guide to more than 9,000 prescription and over-the-counter medications provided by the United States Pharmacopeia"
<http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/druginformation.html>
il sistema MEDLARS
MEDical Literature Analysis and Retrieval System
insieme di basi dati bibliografiche e fattuali di ambito medico-biologico, tossicologico, e di vari altri settori che comprende decine di archivi elettronici, offerti dalla National Library of Medicine (NLM) di Bethesda
oltre 40 basi di dati per centinaia di archivi
La banca dati MEDLINE: contenuto
Contiene più di 12 milioni di citazioni bibliografiche con abstract relativi alla letteratura biomedica mondiale nei settori ricerca, clinica, amministrazione, odontoiatria e scienze infermieristiche, con copertura dal 1966 ad oggi. Seleziona articoli tratti dallo spoglio di circa 4000 riviste biomediche internazionali pubblicate in 70 paesi, più capitoli e articoli da monografie, con disponibilità di abstract per circa il 76% delle citazioni a partire dal 1975. L'88% del contenuto si riferisce a articoli in lingua inglese.
Interfacce di accesso a MEDLINE
- PubMed - nuova interfaccia dal 1° marzo 2000 (software Entrez) . Integrata con altre 6 banche dati
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi>
- Clinical Queries using Research Methodology Filters
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query/static/clinical.html>
- PubMed OLD (vecchia interfaccia)
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMedOld/>
- Internet Grateful Med. A Gateway Interface for Assisted Searching in a Changing Environment
<http://igm.nlm.nih.gov/>
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Mappa delle sei banche dati integrate del
National Center for Biotechnology Information
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Internet Grateful Med 15 banche dati ad accesso gratuito <http://igm.nlm.nih.gov/>
- OLDMEDLINE
(771.000 record 1960-1965)
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Gli strumenti di supporto
- MeSH Browser - Medical Subject Headings
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html>
- Navigazione nella struttura gerarchica ad albero
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2K/MeSHtree.html>
E' il Thesauro di riferimento, Medical Subject Headings, con più di 19.000 intestazioni principali MeSH e 103.500 intestazionisecondarie chiamate Supplementary Concept, all'interno di una rete semanica ricca di riferimenti incrociati. Oltre 87.000 termini chimici.
Altre reti nel Sistema MEDLARS
<http://cancernet.nci.nih.gov/>
<http://cnetdb.nci.nih.gov/cancerlit.shtml>
Studio dei tumori a livello clinico e sperimentale
<http://cancernet.nci.nih.gov/trialsrch.shtml>
Protocolli clinici e sperimentali impiegati nella terapia oncologica (all'interno di CANCERNET)
La Rete Toxnet: Toxicology Data Network 1.
<http://toxnet.nlm.nih.gov/>
E' la rete d'interesse tossicologico che raggruppa numerose banche
dati fattuali e bibliografiche del settore. Quattro i settori:
- Toxicology Data (Factual information on toxicity and other hazards of chemicals)
- HSDB (Hazardous Sustances Data Bank, con 4200 sostanze potenzialmente pericolose)
- GENE-TOX (Peer-reviewed mutagenicity test data provenienti da EPA)
- CCRIS (Chemical Carcinogenesis Research Information System, riferimenti bibliografici)
- IRIS (Integrated Risk Information System)
La Rete Toxnet: Toxicology Data Network 2.
- Toxicology Literature (Scientific studies, reports, and other bibliographic material)
- Toxline: Toxicology Literature Online . Comprende decine di archivi tra cui alcune sezioni del Biological Abstract
- TOXNET, consente ricerche per termini di soggetto, parole del titolo e col nome chimico. Chemical Abstracts Service Registry Number (RN)
- EMIC, Emicback (Environmental Mutagen Information Center Backfile, data base bibliografico)
- DART/ETIC (Developmental and Reproductive Toxicology Database, data base bibliografico), ETIC e ETICBACK
(Environmental Teratology Information Center Backfile, RTECS (Registry of Toxic Effect of Chemical Substances, analizza 120.000 sostanze)
La Rete Toxnet: Toxicology Data Network 3.
- Toxic Release Information (Annual estimated releases of toxic chemicals to the environment - the Environmental Protection Agency's
- TRI (Toxics Release Inventory)
- TRIFACT (Sostanze tossiche, inquinamento, smaltimento rifiuti)
- Chemical Information (Nomenclature, Identification, Structures)
- ChemIDplus
- HSDB Structures
- NCI-3D
dall’evoluzione alla rivoluzione
- si rinnovano i modelli delle alleanze editoriali
- offerta di servizi in modelli personalizzati dinamici
- e-journal, connesso alla banca dati, diviene un oggetto altamente sofisticato nella sua evoluzione
- si rivoluziona il circuito della comunicazione scientifica
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la convergenza dei formati
- convergenza verso il modello di periodico elettronico multimediale
- mutamenti significativi nella natura stessa del documento
- documento complesso e dinamico, aggregato di informazioni collegate
- integrazione “inversa”: dall’e-journal alla banca dati
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Dinamiche evolutive
- Journal Browser
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/jrbrowser.cgi>
Oltre 4000 periodici
- Lista periodici elettronici connessi a PubMed
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/journals/loftext_noprov.html>
- 876 e-journal connessi al 03-06-2000 possibile effettuare ricerche dirette entro PubMed
- servizi connessi a PubMed: full-text, DD, ordering, pay-per-view
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dalle banche dati ai server di preprint
esperienza di Los Alamos (1991-92) <arXiv.gov>
spazi “aperti” di conoscenza
HighWire Press
- HighWire Press è uno dei più ricchi archivi di periodici a testo pieno di ambito scientifico (molti di settore biomedico), gratuitamente disponibili.
- Alla data dell’8 giugno 2000, su 711.189 articoli a testo pieno di cui HighWire Press è coeditrice, ben 159.104 sono ad accesso libero.
- Il numero variabile, è legato alle politiche dei singoli editori che di volta in volta stabiliscono cosa mettere a disposizione,per quale periodo, in che forma.
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European Molecular Biology Organization E-Biosci EMBO
- versione europea di E-Biomed", riunione 21 luglio 1999 a Heidelberg (si discusse il progetto statunitense di Harold Varmus E-Biomed ora PubMed Central)
- costruzione di un sito unico per i lavori nel campo delle scienze della vita
- orientamento fondato su un sistema a peer-review meno rigido rispetto a quello del circuito a stamp), attuato attraverso la cooperazione di società scientifiche. Ruolo di eventuale server per il deposito di lavori fuori dal meccanismo di peer-review non viene accettato
E-Biosci EMBO gennaio 2000
- la seconda riunione anche con editori, stabilisce che per la costruzione del sito vengano rispettati
- si prevede che la titolarietà dei diritti rimanga agli autori, che decidono cosa e dove depositare (sistema europeo)
- standard alti di qualità, basati su meccanismo peer-review.
- a livello strutturale l'orientamento è verso un sistema distribuito, con una rete di server piuttosto che un unico sito centrale, ma con un punto di riferimento forte verso PubMed Central
H Netprint Netprint
- Netprint : nuovo archivio elettronico di preprint (gennaio 2000), con funzioni anche di reprint, per la medicina clinica e pianificazione e politica sanitaria
- Collaborazione tra British Medical Journal, (BMJ) biblioteche dell'Università di Stanford
- Interfaccia è quella dell'archivio del BMJ
- L'autore colloca le sue ricerche prima, durante oppure dopo l'eventuale processo di peer review o di revisione di comitati editoriali
- Recupero dei full-text libero,
- non necessario peer-review; l'autore provvede a mettere a disposizione della comunità scientifica la sua ricerca.
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“Nel luogo in cui, a testa alta, la mente è senza paura
Dove la conoscenza è libera;
Nel posto ove il mondo non è stato spezzato in frammenti
da anguste pareti domestiche
Dove le parole vengono fuori dal profondo della verità;
Dovunque l'instancabile lotta allunga le sue braccia
Dalla fonte in cui il fluire luminoso della ragione
non ha perso il suo corso nel desolato deserto
di sabbie inerti dell'abitudine
Laddove tu guidi la mente in avanti dentro il pensiero
sempre in espansione e in un'azione di continua ricerca
In quel cielo di libertà, Padre mio, fa che si svegli il mio Paese”
Rabindranath Tagore's Gitanjali
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